基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
转化医学>
转化医学及临床试验服务>
伴随诊断一站式解决方案>
多组学联合分析>
转录本拼接
对于无参考基因组的物种。获得clean reads后,需要对clean reads进行拼接以获取后续分析的参考序列。九游j9登陆采用主流软件Trinity对clean reads进行拼接。作为后续分析的参考序列,拼接得到转录本序列,取每条基因转录出的最长转录本作为unigene。基因表达水平
将每个样本的测序reads与参考序列(拼接得到的转录本)进行比对。进而分析基因的表达水平,进化树构建
OrthoMCL对全长的CDS序列进行了直系同源基因搜索分析。构建系统进化树,并筛选出一对一的直系同源基因进行序列比对,将系统进化树结果导入MEGA可查看系统进化树构建结果。直系同源基因Ka/Ks分析
判断直系同源基因哪些属于同义替换,哪些属于非同义替换,计算Ka/Ks。在遗传学中,Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义替换率(Ka)和同义替换率(Ks)之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。如果Ka/Ks>1,则认为有正选择效应;如果Ka/Ks=1,则认为存在中性选择;如果Ka/Ks<1,则认为有纯化选择作用。GO、KEGG富集分析
对获得的直系同源基因进行GO和KEGG富集分析,能更加明确进化过程中哪些功能基因受到选择,进一步明确各基因的功能Copyright@2011-2023 All Rights Reserved 版权所有:九游j9登陆 京ICP备15007085号-1
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//获取title
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