基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
转化医学>
转化医学及临床试验服务>
伴随诊断一站式解决方案>
多组学联合分析>
群体SNP检测及注释
SNP(单核苷酸多态性)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,包括单个碱基的转换、颠换等。我们采用GATK软件进行样本SNP的检测及过滤,采用ANNOVAR软件对SNP检测结果进行注释。 SNP检测及注释结果统计Category | Sub Group... | |
Upstream | 203,062 | |
Exonic | Stop gain | 2,142 |
Stop loss | 564 | |
Synonymous | 247,194 | |
Non-synonymous | 167,809 | |
Intronic | 321,306 | |
Splicing | 1,471 | |
Downstream | 189,867 | |
upstream/downstream | 51,199 | |
Intergenc | 986,703 | |
ts | 1,256,052 | |
tv | 915,265 | |
ts/tv | 1.372 | |
Total | 2,171,317 |
SNP标记开发
1. 亲本间差异SNP分布
基于对2个亲本检测的SNP,查找2个亲本间差异的SNP;差异SNP在全基因组及外显子区域的分布如下图所示,对其进行比较。2. 亲本间标记开发
基于亲本基因型检测结果,进行亲本间多态性标记开发。过滤掉亲本信息缺失的位点;根据作图群体类型,筛选符合群体类型的多态性的位点。3. 子代基因分型
完成亲本间标记开发后,提取所有子代在亲本多态性标记位点的基因型。部分子代在个别标记位点的基因分型结果如下表。Chr | Position | Ref | P1 | P2 | R001 | R002 | R003 | R004 | R005 |
chr1 | 231,569 | C | TT | CC | CC | CC | CC | CT | TT |
chr1 | 251,190 | C | GG | CC | CC | CC | CC | CC | GG |
chr1 | 251,280 | C | TT | CC | CC | -- | CC | -- | -- |
chr1 | 255,797 | A | TT | AA | AA | AA | AA | AA | TT |
chr1 | 256,357 | C | TT | CC | -- | -- | CC | -- | -- |
遗传标记筛选
筛选高质量的遗传标记
遗传图谱构建
筛选高质量的遗传标记
Copyright@2011-2023 All Rights Reserved 版权所有:九游j9登陆 京ICP备15007085号-1
");
let title = html.substr(tit_startIndex + 7, tit_endIndex - tit_startIndex - 7)
document.title = title
//修改右侧href
$(".content-right").find(".contentTab a").each(function () {
var href = $(this).attr("href");
if (href.indexOf("addTabRightUrl") < 0) {
href = "javascript:addTabRightUrl('" + href + "')";
$(this).attr("href", href);
}
});
$(".content-right").find(".contentTab select").each(function () {
$(this).attr("onchange", "addTabRightUrl(options[selectedIndex].value)");
});
Fflc_Style() /*20220610 添加的*/
TuPianFangDa()
MaoDianDingWei();
return;
})
}
//点击右侧切换效果
function addTabRightUrl(url, tzlx) {
if (tzlx != null && tzlx != undefined && tzlx != "") {
if (tzlx == "bhleftdh") {
window.open(url,"_blank");
return;
}
}
$.get(url, function (data) {
var html = "";
if (data == undefined || data == null || data.length < 1) { html = ""; return; }
html = data;
var startIndex = html.indexOf("");
var endIndex = html.indexOf("
");
$("code").html(html.substr(startIndex + 6, endIndex - startIndex - 6));
$(".banner").html($(html).find(".banner").html());
$(".linkurl").html($(html).find(".linkurl").html());
$(".content-right").html($(html).find(".content-right").html());
//获取title
var tit_startIndex = html.indexOf("